O projeto do Centro de Desenvolvimento de Recursos Humanos em Saúde (CEDRHUS) teve início em 1992, sob a coordenação da Gerência de Desenvolvimento de Recursos Humanos da Diretoria de Administração de Pessoal da Secretaria de Estado da Saúde.

Em 09 de julho de 1993, a Lei Complementar nº 091/93, através do Ato nº 873/93, publicado no Diário Oficial do Estado - DOE, em 07/10/93, criou o Centro de Desenvolvimento de Recursos Humanos em Saúde – CEDRHUS, alterando a estrutura organizacional da Secretaria de Estado da Saúde nessa área. 

Na gestão estadual iniciada em 2003, a Escola de Formação em Saúde - EFOS, figurava, na estrutura organizacional da SES, como gerência subordinada à Diretoria de Recursos Humanos- DIRH. Mas, com a edição da Lei Complementar nº 284, de 28 de fevereiro de 2005, que estabeleceu o modelo de gestão para a Administração Pública Estadual e dispôs sobre a estrutura organizacional do Poder Executivo, a EFOS passou a se chamar Escola de Ensino Médio, subordinada à Diretoria de Desenvolvimento Humano - DIDH.

No início do ano de 2007, a Diretoria de Desenvolvimento Humano foi renomeada, ficando a EFOS vinculada à Diretoria de Educação Permanente em Saúde - DEPS. E, desde então, não houve mais alterações no organograma da Escola.

A EFOS é uma entidade pública do setor da saúde, mantida e subordinada pela Secretaria de Estado da Saúde - SES/SC, que oferececursos reconhecidos pelo Conselho Estadual de Educação/SC, destinados aos profissionais trabalhadores do SUS, com escolaridade de ensino fundamental e médio, a serem realizados na sua grande maioria em serviço.   

As ações da EFOS estão voltadas para a qualificação dos profissionais do Sistema Único de Saúde (SUS). Nesse contexto, a Escola atua em treze Regiões de Saúde de sua abrangência: Extremo Oeste, Xanxerê, Oeste, Alto Uruguai Catarinense, Meio Oeste, Alto Vale do Rio do Peixe, Grande Florianópolis, Laguna, Carbonífera, Extremo Sul, Nordeste, Planalto Norte e Serra Catarinense.

Os recursos para a execução dos Cursos de formação e qualificação provêm, em sua maioria, do Ministério da Saúde. No entanto, há ocasiões em que os recursos vêm através de Convênio, incumbindo então ao Estado a contrapartida de 30% do valor total do recurso. Além disso, a EFOS busca o apoio de outras instituições de saúde do estado, como as Agências de Desenvolvimento Regional de Saúde das Secretarias de Desenvolvimento Regional, Comissão Permanente de Integração de Ensino em Serviço Estadual – CIES/Estadual, Comissão Permanente de Integração Ensino em Serviço Regional – CIES/Regional, Comissão Inter gestores Regionais – CIR e dos municípios envolvidos no processo de ensino-aprendizagem do trabalhador em saúde.

No ano de 2014 a Escola começou a utilizar a plataforma virtual AVATAR (Ambiente Virtual de Aprendizagem Técnica, Aperfeiçoamento e Referência). Ao fazer uso desta tecnologia, propõe contribuir para a aprendizagem dos alunos, sendo este um espaço de acesso a apostila dos cursos, textos complementares, avaliações e pesquisas em geral.

Em 2016, foi inaugurada a nova sede da Escola, queconta  com uma estrutura de cinco andares,que contemplam laboratórios de enfermagem, laboratório odontológico e de informática, biblioteca, auditório salas de aula e salas administrativas. A nova estrutura  atende às necessidades dos cursos técnicos oferecidos, aprimorando a qualidade do ensino oferecido pela EFOS.